影片以長崎軍艦島為背景，講述少年坂本海星與父親玄海在失去至親后的破碎關系。母親去世后，正值叛逆期的海星頻繁與人斗毆滋事；父親因妻子（青梅竹馬）早逝而終日酗酒，父子間充滿隔閡與沖突。當海星意外卷入軍艦島上某廢棄設施引發的重大危機事件時，父子被迫共同面對困境。隨著調查深入，他們發現該設施存在嚴重安全隱患，不僅威脅整個社區安危，更意外牽扯出與逝者相關的往事。為阻止災難發生，父子在解謎過程中逐漸打破心防，在生死考驗中重新理解彼此的傷痛。最終通過修復舊日裂痕，兩人在廢墟上重建了家庭羈絆，并找到繼續生活的勇氣。