《X戰(zhàn)警97第一季》作為90年代經(jīng)典動畫的直接續(xù)作，延續(xù)了變種人與人類矛盾的核心設(shè)定。萬磁王在X教授失蹤后正式接任領(lǐng)導(dǎo)，帶領(lǐng)獨眼龍、琴·葛雷等原班成員，在反變種人情緒持續(xù)高漲的全球環(huán)境中展開行動。新加入的暴風(fēng)女以掌控天氣的能力成為關(guān)鍵戰(zhàn)力，團隊同時面臨神盾局退役特工威廉·史崔克策劃的系統(tǒng)性清除計劃。劇情著重刻畫萬磁王強硬手段引發(fā)的內(nèi)部爭議，以及人類極端勢力利用"變種人注冊法案"激化的族群對立。通過重現(xiàn)天啟紀元相關(guān)預(yù)言與神秘裝置的爭奪，為后續(xù)更大規(guī)模的文明沖突埋下伏筆。