《X戰警97第一季》作為90年代經典動畫的直接續作，延續了變種人與人類矛盾的核心設定。萬磁王在X教授失蹤后正式接任領導，帶領獨眼龍、琴·葛雷等原班成員，在反變種人情緒持續高漲的全球環境中展開行動。新加入的暴風女以掌控天氣的能力成為關鍵戰力，團隊同時面臨神盾局退役特工威廉·史崔克策劃的系統性清除計劃。劇情著重刻畫萬磁王強硬手段引發的內部爭議，以及人類極端勢力利用"變種人注冊法案"激化的族群對立。通過重現天啟紀元相關預言與神秘裝置的爭奪，為后續更大規模的文明沖突埋下伏筆。