神秘組織脅迫一名年輕男子盜取列奧納多·達·芬奇的研究筆記，該青年化名托馬索潛入畫坊成功取得筆記本后臨時反悔。筆記最終被神秘組織的彪形大漢搶奪，列奧納多與好友洛倫佐、邁克爾展開調查時發現托馬索實為女性身份。這名自稱麗薩的女子透露自己因渴望學習繪畫而女扮男裝來到佛羅倫薩，三人承諾為其身份保密。與此同時，洛倫佐向擔任公證人的父親皮埃羅透露城中存在可疑組織的線索，卻不知皮埃羅正是搶奪筆記本事件背后的主謀。