《假面忍者赤影》改編自橫山光輝同名經典漫畫，故事以日本戰國時代為背景。織田信長即將完成天下統一之際，琵琶湖畔的神秘宗教"金目教"暗中崛起，宣稱不信奉者將遭受恐怖詛咒。為查明該教派真相并消除潛在威脅，織田信長秘密派遣忍者部隊"赤影一族"展開調查。青年忍者（佐藤大樹飾）作為家族最后傳人，繼承"假面忍者·赤影"之名，在調查過程中逐步揭開金目教利用宗教信仰操控民眾、暗中培植軍事力量意圖顛覆幕府的陰謀。面對金目教首領幻魔發動的超自然詛咒和暗殺威脅，赤影憑借過人的忍術與智慧，在木村慧人、加藤諒等同僚協助下突破重重險阻，最終摧毀金目教核心據點，粉碎其顛覆計劃。忍成修吾與柄本時生飾演的敵對勢力頭目亦在最終決戰中被赤影以獨門忍法斬斷詛咒之源，確保了織田政權的穩定。