神諭局特工高云龍（阮頌揚飾）受命穿越至明朝，在尋找失蹤的摯友曹小妹（陳嘉桓飾）過程中，意外卷入東林書院與東廠的權力斗爭。隨著書院成員接連遭神秘殺手暗殺，主持調查的葉敬卿（宋庭雋飾）向朝廷舉證東廠勾結外族勢力，意圖通過時空裂隙擾亂朝綱。高云龍在追查中發現東廠督主歐陽超私藏前朝神諭裝置，其操控的時空異象已導致歷史軌跡偏移。當真相揭露時，東林書院眾人與高云龍聯手摧毀裝置，在血色殘陽中終結陰謀。功成身退的高云龍選擇留在明朝重整神諭局，而曹小妹因穿越時空導致的記憶紊亂，則成為埋藏在歷史褶皺中的未解之謎。