不久的未來，人類社會在政治、宗教、資源與環境等矛盾中維持著脆弱繁榮。突如其來的變異生物"哈提安"軍團隨洋流席卷全球，其起源可追溯至宇宙中漂浮的未知生命體。國際聯合組織N.I.D.F.迅速成立，通過搭載反物質武器的巨型戰艦"方舟"展開全球性防御作戰。2015年，前N.I.D.F.成員真田隆三帶領民間調查團隊"紅烏鴉"介入作戰，發現哈提安具有集體意識且持續進化。隨著調查深入，團隊成員接連犧牲，反物質武器對新型哈提安失效等危機頻發。最終N.I.D.F.艦隊全軍覆沒，方舟核心被哈提安同化。真田在揭示哈提安實為宇宙生命體"死者之書"的具象化載體后，與幸存者啟動方舟自毀程序，在反物質爆炸中終結了這場跨越星際的物種戰爭。