《云雀行動》以反對臺獨為背景，講述國際分裂組織"鐵血同盟會"頭目李肖策劃暴力暗殺案的陰謀。李肖潛入大陸，企圖利用航模飛機爆炸破壞某國訪華代表團行程，并策反導(dǎo)彈部隊指揮官洪越制造軍事沖突。前國民黨軍情局長周天刃因反對臺獨，追蹤李肖行蹤并主動進入大陸。國家安全局成立專案組，在祝局長指揮下，丁慨然、鐘曉雯等偵察員展開偵查。周天刃雖背負歷史血債，但多次干擾李肖行動，導(dǎo)致師徒反目。偵察員通過復(fù)制電腦文件、策反洪越等手段獲取關(guān)鍵情報，期間周天刃與李肖在康復(fù)中心工地激烈對抗，最終被解救。黃凱因貪腐被脅迫盜取軍情，成為案件重要突破口。李肖在銀河牛場襲擊計劃失敗后劫持人質(zhì)，丁慨然孤身談判時，林光在牛場及時制止?jié)摲肿有袆?。最終李肖自殺身亡，周天刃與大陸安全部門完成合作使命，案件得以終結(jié)。