1987年9月日本某地突發(fā)離奇事件后，火島博士與與那嶺博士在雙神島建立研究所，啟動(dòng)地球制彈劾凰機(jī)械人開(kāi)發(fā)計(jì)劃。經(jīng)過(guò)多年研究完成"素體"原型機(jī)時(shí)，兩位核心開(kāi)發(fā)者因理念分歧爆發(fā)激烈沖突：火島主張以生產(chǎn)效率優(yōu)先的無(wú)人駕駛方案，與那嶺則堅(jiān)持安全性更高的有人駕駛模式。火島提案最終被否決并遭驅(qū)逐出研究所。其后試制機(jī)體實(shí)驗(yàn)中，失控的機(jī)械人引發(fā)致命爆炸事故，不僅導(dǎo)致駕駛員喪生更造成研究員重大傷亡。瀕臨終止的開(kāi)發(fā)計(jì)劃在與那嶺主導(dǎo)下通過(guò)秘密籌資重建基地重啟，研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)始著手新一代彈劾凰機(jī)械人的研制工作。