明朝末年宦官專權之際，忠臣左光斗因彈劾魏忠賢慘遭滅門。其女左清菡攜記載奸黨罪證的"忠蠹名冊"被錦衣衛百戶方涂山所救，二人在東廠追殺中幸得明教五行旗總掌旗使大邱相救，輾轉避入與世隔絕的桃源村。這個由明教徒聚居的村落雖遭朝廷解散，仍恪守除惡揚善之旨。左清菡與方涂山的到來引發村民戒懼，眾人以種種方式逼迫二人自離，唯恐招致朝廷禍患。東廠方面，左右千戶仇士海、狄耕為爭奪督主之位明爭暗斗，使追查行動陷入復雜糾葛。隨著真相逐步揭露，左清菡手中名冊暗藏的朝堂秘辛終成扭轉局勢的關鍵。