《魔幻美少女》以雙胞胎姐妹松永美香和友美為主角，兩人自幼覺醒操控能量的超能力。故事圍繞她們的成長展開：美香與劍道部前輩倉茂逐漸發展出曖昧情愫，友美則與同班同學野由在共同對抗危機的過程中萌生愛意。神秘組織成員影浦進一郎持續追查兩姐妹的真實身份，揭露其超能力源于特殊實驗的真相。隨著敵對勢力對"幻法雙子星"力量的覬覦，姐妹被迫直面自身存在的悖論——她們維持世界平衡的能力終將導致自我消亡。在倉茂與野由的協助下，兩姐妹最終選擇以生命為代價阻止災難擴散，化作永恒守護世界的星塵。
