冬木市曾作為三度圣杯戰爭舉辦地，但在第二次世界大戰期間某位魔術師強行奪走圣杯引發變局。數十年后，千界樹家族以該圣杯為精神圖騰脫離魔術協會宣布獨立。魔術協會派遣的特務調查員巴澤爾雖成功潛入敵境，卻在圣骸布工坊遭遇未知Servant突襲而全軍覆沒。這場沖突揭開圣杯戰爭系統被外部勢力覬覦的序幕，千界樹通過秘密渠道將污染后的圣杯殘片運往納粹德國進行異質化改造，導致后續戰爭出現非傳統職階英靈召喚現象。魔術協會與圣堂教會為阻止事態擴大，被迫啟動對冬木大圣杯系統的聯合封印程序。