《墜落JK與廢人老師第二課》延續第一季劇情，聚焦無氣力教師灰葉仁與優等生落合扇言在屋頂相遇一年后的互動。兩人通過共同完成校園文化祭課題、參與彼此生日慶祝等活動，逐步揭開各自隱藏的過去：灰葉因家庭變故陷入賭博債務危機，扇言則背負著母親自殺的心理創傷。隨著日常接觸加深，灰葉為保護學生主動承擔債務壓力，扇言則在對方引導下直面自我否定傾向。故事通過雙向救贖的主線，展現頹廢教師與陰角優等生在對抗現實困境中逐漸靠近的情感發展。