周游神戶港的游覽船突然發生爆炸，犯罪者以船上的乘客作為人質，向該船的所屬公司"黑澤興產"勒索兩億日元。偶然在場的警視廳月島署刑警系村（上川隆也），以不經意間發現的一張紙片為線索介入了這起事件。通過對遺留物證的科學分析與交叉比對，調查團隊逐步鎖定犯罪者身份并發現其作案動機源于黑澤興產二十年前掩蓋的重大事故。在解救被困人質過程中，法醫三澄美琴（栗山千明）團隊通過現場遺留物證還原了爆炸裝置構造，最終在談判專家與特警協同行動下成功化解危機。案件偵破過程中展現的物證技術應用，為后續類似犯罪調查提供了重要范式。