《星際之門：亞特蘭蒂斯第二季》延續(xù)第一季懸念展開(kāi)，探險(xiǎn)隊(duì)在南極洲發(fā)現(xiàn)的星際之門已將韋爾博士、謝帕德少校、福特中尉等人類成員與泰勒戰(zhàn)士組成的團(tuán)隊(duì)帶往天馬座星系。面對(duì)以幽靈族（Wraith）為首的威脅，團(tuán)隊(duì)需破解亞特蘭蒂斯古城的零點(diǎn)模塊（ZPM）能源危機(jī)，在抵御持續(xù)圍攻的同時(shí)探索星系中其他人類文明。第二季重點(diǎn)展開(kāi)三條主線：福特中尉因攝入幽靈族酶劑獲得超常力量卻逐漸失控，最終導(dǎo)致其背叛團(tuán)隊(duì)并接受機(jī)械改造；韋爾與謝帕德在生死考驗(yàn)中萌發(fā)微妙情愫卻受制于職責(zé)身份；探險(xiǎn)隊(duì)通過(guò)與躍遷者文明合作及深入幽靈族母星行動(dòng)，逐步掌握敵方生物科技弱點(diǎn)。全季以成功奪取關(guān)鍵ZPM模塊并擊退大規(guī)模圍攻收尾，同時(shí)為后續(xù)揭露古代人遺跡與幽靈族起源埋下伏筆。