在這個世界中，除了人類和妖怪外，還存在著返祖妖怪——由人類與妖怪結合產生的混血物種。因血統不純正，返祖妖怪常遭同類驅逐甚至追殺，由此誕生了專為其提供庇護的設施"妖館"。每位入住者均配備被稱為SS的護衛，白鬼院凜凜蝶（日高里菜配音）與御狐神雙熾（中村悠一配音）的故事由此展開。妖館內還居住著性格悠閑卻內心細膩的反之冢連勝（細谷佳正配音）與護衛雪小路野薔薇（日笠陽子配音）、不良少年渡貍卍里（江口拓也配音）與護衛夏目殘夏（宮野真守配音）、狂放不羈的青鬼院蜻蛉（杉田智和配音）與護衛髏髏宮歌留多（花澤香菜配音）。隨著返祖妖怪們逐漸找回丟失的記憶，埋藏于妖館創立初衷及SS制度本質的秘密開始浮現。凜凜蝶在與同伴的羈絆中直面自身過往，眾人最終發現記憶缺失與純血妖怪主導的社會迫害存在直接關聯。在對抗壓迫的過程中，SS護衛制度的深層含義以及返祖妖怪們作為新物種存在的意義逐漸清晰。