這個故事發(fā)生在米羅（詹姆斯·阿諾德·泰勒配音）和齊達(dá)（克里·薩莫配音）留在亞特蘭提斯之后。當(dāng)數(shù)艘貨船在北方海域遭遇神秘力量襲擊時，兩人與探險小組展開調(diào)查并化解危機(jī)。齊達(dá)決心探索魔幻水晶的潛力，帶領(lǐng)米羅及隊(duì)員踏上尋找真相的旅程。他們發(fā)現(xiàn)這股力量與遠(yuǎn)古文明有關(guān)，并在冒險中遭遇極端天氣、遺跡機(jī)關(guān)和不明勢力的阻撓。隨著研究深入，水晶既能賦予亞特蘭提斯復(fù)興的能量，也可能引發(fā)災(zāi)難性后果的雙重屬性逐漸顯現(xiàn)。米羅與齊達(dá)因理念分歧產(chǎn)生激烈爭執(zhí)，前者擔(dān)憂重蹈先輩覆滅的覆轍，后者渴望突破歷史桎梏。最終在水晶能量暴走的關(guān)鍵時刻，眾人合力啟動封印裝置，將晶體永久沉入地核屏障。亞特蘭提斯議會通過新法案，規(guī)定水晶知識僅作為警示后世的遺產(chǎn)。米羅選擇繼續(xù)擔(dān)任守護(hù)者，而齊達(dá)則帶著對文明存續(xù)方式的重新認(rèn)知離開。