哥斯拉破壞日本多年，〈G對策總部〉發明黑洞炮對付。但實驗出意外，引來古代巨大昆蟲超翔龍重現，并攻擊哥斯拉。日本成了哥斯拉、超翔龍及人類三方的戰場。為阻止兩巨獸肆虐，G對策總部指揮官赤坂與科學家團隊在東京灣秘密啟動黑洞炮裝置，試圖將哥斯拉引入地核陷阱。超翔龍因機械改造系統失控，在與哥斯拉激烈廝殺的同時持續破壞城市，最終被赤坂團隊重新編程協助作戰。經過慘烈對決，黑洞炮成功將兩巨獸一同吸入地心封印，但東京都心部已化為廢墟。