八國聯軍入京，朝廷出奔，舉國局勢一度混亂。黃飛鴻（趙文卓飾）與父親黃麒英（劉洵飾）、十四姨（王靜瑩飾）、徒弟梁寬（莫少聰飾）、鬼腳七（熊欣欣飾）一行人南下番禹，欲與十三姨（關之琳飾）、豬肉榮（鄭則仕飾）、牙擦蘇（郭晉安飾）匯合。師徒于路同擔心海盜奪糧的南粵米倉發生誤會，兩幫人不打不相識，黃飛鴻助其將盜米賊扭送衙門，驚覺盜米竟是差役領班謝四（張鐵林飾）指使。原來南海海盜趁局勢混亂，活動頻繁，使番禹一地早無官員統制，差役不得已靠偷盜維持口糧。黃飛鴻有感謝四等人忠義，遂放棄赴港計劃，與當地海盜單眼英、張玉麟、張保仔等人展開連場搏殺，最終聯合謝四部擊潰海盜勢力并奪回糧倉。本片是徐克執導黃飛鴻系列的第五部，著重展現亂世中民間武力與地方勢力的合作抗爭。