非洲象牙海岸發掘出了寫有符號的飛船碎片，發現碎片的相關科學家紛紛被謀殺。這些碎片讓Mulder腦海中聽到無數聲音并同痛不欲生。Scully發現碎片上的符號可能是人類的基因藍圖。Mulder被關進了精神病院。Scully來到象牙海岸，看到半埋在沙灘中的飛船。 第1集 開端 The Beginning 在電影FTF里出現的變種alien從一個基因技術研究公司的員工肚子里鉆出來逃跑了。Mulder和Scully找到了Gibson，他帶Mulder 去找那個alien。Scully證明出Gibson可能是外星人（所有人類都可能是）。X檔案現在由Spender和Fowley主管。Gibson最后又不見了。 第2集 向前沖 Drive 一個人駕車在公路上亡命奔馳，他必須不停地高速移動來防止自己的腦子炸開。Mulder上了他的車子。 第3集 百慕達驚夢/Triangle Mulder 在海上找到了二戰時期神秘失蹤的Queen Anne號郵輪，船上的時間還是1939年。Scully和孤槍俠為找Mulder也登上了Queen Anne號，但船上的時間是當前。Scully吻了Skinner，Mulder吻了Scully，Scully打了Mulder，Mulder對 Scully說I love you。 第4集 夢境(上） Dreamland Mulder和一個五十一區的黑衣人互換了身體，進入到對方的生活中。別人都不知道。 第5集 夢境(下) Dreamland II 他們想辦法把身體又換了回來，誰也不記得發生了什么。 第6集 親密關系 Terms Of Endearment 一個惡魔變成普通人模樣到處結婚試圖有一個正常的后代，他的現任妻子是個女惡魔，她一心想要有一個惡魔的后代。 第7集 雨王 The Rain King 小鎮上的天氣預報員一直深愛著一名女子，她的情感經歷波折豐富。只是他們還不知道，他的情緒會影響當地的天氣。 第8集 圣誕幽魂 How The Ghosts Stole Christmas 圣誕夜，Mulder拉著Scully來拜訪一棟鬧鬼的大房子。在房子里，一對幾百年前在此徇情的情侶讓他們經歷了一次對彼此信任的考驗。 第9集 心靈殺手 Tithonus 一個從死神的名冊中被除去名字的攝影師，靠捕捉他人的死亡瞬間來尋求死神的重新眷顧。最終他如愿以償，死神卻對Scully背過了身體。 第10集 S.R.819 Skinner的身體被注入了納米機器人，他的生死全由Krycek一手掌握。 第11集 父與子(上) Two Fathers Spender 的母親沒有死。她意外成了第一例成功的人類/alien混種，也就是辛迪加與殖民alien協議研究的在殖民后為其充當奴隸的人種。同時，叛軍外星人的力量暫時占了上風，他們滲入了辛迪加組織，意圖奪走spender的母親。CSM要繼續保護和殖民方合作同時暗地研制疫苗的計劃，在對自己親手扶植的兒子 Spender失望之余，他找來Fowley幫忙。 第12集 父與子(下) One Son 辛迪加抓到了 Spender的母親和MS。Mulder了解到如果殖民方alien知道混種研究已經成功，殖民就會開始，而辛迪加故意拖延研究混種并一直隱瞞真相是為了贏得研制疫苗的時間。意識到叛軍的力量已是無法阻止的，CSM等辛迪加決定把Spender的母親交給殖民方，讓殖民開始，以保存自己。但叛軍先行一步，最終奪走的Spender的母親，燒死了除CSM外的所有辛迪加成員。CSM殺死了自己的兒子Spender。 第13集 美麗新社區 Arcadia Mulder和Scully偽裝成一對夫婦來到一個秩序井然的美麗社區調查居民失蹤案，發現一切是由懂遠東意念術的人用泥土創造的幻人所為。 第14集 水怪 Agua Mala 佛羅里達的暴風雨把深海的一種生物帶到了小城的排水系統中。這種只能在咸水中生存的生物能把人融解為水。5X15中的前X檔案探員請MS來幫助解決這個問題。 第15集 星期一 Monday Mulder每天醒來都回到同一個星期一，經歷同樣的事情卻毫不知情。只有一個女子知道要逃離這無間地獄，必須改正一件錯誤的事情。 第16集 變形犬 Alpha 一名到中國尋找失落的王山犬的教授獲得了變身成動物的能力，開始無法控制殺人的欲望。 第17集 穿墻人 Trevor 一名囚犯在一場風暴中意外獲得了身體穿越固體的能力。他逃出了監獄，想要找回自己的兒子。 第18集 愛情小說 Milagro 暗戀Scully的小說家為了接近Scully，在小說中創作了完美的犯罪，小說中的殺手來到現實中執行了這些罪行。在了解到Scully心有所屬后，小說家不知如何結尾了，而小說中的殺手告訴他應該殺死Scully。 第19集 難兄難弟 Three of A Kind 孤槍俠Byers自從1990年后就一直在尋找的那名女子現身拉斯維加斯。他們為她能擺脫陰謀和追殺，請來了Scully幫忙。 第20集 快樂人生 The Unnatural 5X15中的前X檔案探員有個雙胞胎兄弟，給Mulder講了一個發生在1947年的故事，有關alien、賞金殺手、棒球，還有單純的快樂。 第21集 田野之旅 Field Trip 北卡羅來納州的布朗山附近長了一種蘑菇，通過釋放出的孢子讓人產生非常真實的幻覺，睡夢中的人卻作為這些蘑菇的營養慢慢被消化了。 第22集 創世紀 Biogenesis