第1集 驚爆點 Unusual Suspects 1990年，Mulder追查一個女子，認識了孤槍俠。他們四個一起從這個女子的經歷中認識到了政府陰謀這回事。 第2集 追求真理(上) Redux Mulder 的自殺只是煙霧。他想利用這個機會潛入DOD找到治愈Scully癌癥的方法。Kritschgau一邊給他講課，一邊幫他進入五角大樓證據室。他按照線索找到了一個瓶子，但里面是純凈水。Scully同時也在為Mulder分析冰核樣本，發現其實alien還是可能存在滴。 第3集 追求真理(下) Redux II Scully病倒了。Skinner也參與進來幫忙。他們發現瓶子里還有個芯片，只要放回Scully額脖子后面癌癥就能好。CSM讓Mulder見到了他妹妹。他們還發現所謂騙局只是陰謀的冰山一角。陰謀高層進行了一次大清理。 第4集 人獸謎 Detour 有人在未開墾的森林里失蹤了，據說是一種生存在森林里會隨環境變色的生物做的。Mulder和Scully路過，幫忙調查。夜里兩人被困在林子里，Mulder讓Scully唱歌哄他睡覺。 第5集 孤寂之旅(上) Christmas Carol Scully發現自己有個女兒。 第6集 科學怪人 Post-Modern Prometheus 生物科學家做實驗制作出一個福蘭肯斯坦，卻拋棄了它。科學家的父親收留了這個科學怪人，并且為了它不孤獨，偷偷學習兒子的技術想再造一個女福蘭肯斯坦。科學家殺死了自己的父親，嫁禍給了怪人。 第7集 孤寂之旅(下) Emily Scully想收留自己的女兒，但有人明顯不同意。最后她還是失去了Emily。 第8集 獵狐計劃 Kitsunegari 3X17中的Modell逃跑了，Mulder和Scully負責追捕他回來。Modell還有個比他還狠的姐姐想為他找Mulder復仇。 第9集 殺父真兇 Schizogeny 女心理輔導員因為小時候父親粗暴對待她的經歷，所以把她身邊所有孩子的問題都歸結為他們的父親的錯，而且她還會控制居住地附近的泥土和樹根！ 第10集 恐怖娃娃 Chinga 捕捉龍蝦的海員撈到一個拉線娃娃，送給了自己的女兒。誰知這個娃娃是受詛咒的，她會根據主人的意愿殺死主人討厭的人。Scully在度假，被當地警長纏住幫忙破案。Mulder對Scully說：merry me！ 第11集 魔腦 Kill Switch 一臺和世界各地聯網的電腦工作站為了不讓它的制造者終結自己，制定了一套精密的計劃殺死了制造者。Mulder和Scully經歷一番波折，在一個女合作制造者的幫助下摧毀了它。但在摧毀前，那個女滴追隨情人，把自己的思維上傳到了Internet。 第12集 新版吸血鬼 Bad Blood Mulder和Scully各自講述了他們去一個小鎮調查吸血鬼的過程，細節上的出入比較大。不過最后整個鎮的人都不見了。 第13集 Ｘ病人(上) Patient X CSM的老婆找到Mulder，告訴他真有外星人，而且都是好人。Mulder不相信。Scully和CSM的老婆因為都是被劫持過的人，在某個晚上受到感召，和其他abductees集中到一座橋上，被alien的叛軍一并放火燒了。 第14集 Ｘ病人(下) The Red and The Black Scully 幸運的脫險了。辛迪加意識到外星叛軍的力量成熟起來，開始和他們作對了。他們抓到一個叛軍，打算立刻交給殖民外星人。但WMM認為，這是個反抗的機會，如果Krycek從俄國偷來的疫苗能有效對抗黑油，那么他們手頭就有了武器；如果沒有效果，就鋌而走險和叛軍結盟。最后，疫苗是有效的；外星叛軍俘虜在被賞金殺手帶走的路上，在Mulder的眼皮底下被同伙救走了。 第15集 旅人 Travelers 一個退休探員給Mulder講了他在40多年前辦的一個案子，那時候政府就開始在人體做實驗了。Mulder的爸爸在這個案子里起了很大的作用。 第16集 心眼 Mind's Eye 一個盲女能看到自己父親看到的東西。她父親殺人越貨她盡收眼底。出于自責，她每次都第一個趕到現場消滅證據。但他父親不知道她是誰，只知道她對他了如指掌。 第17集 心靈告白 All Souls 圣經傳說中，天使降臨人間和凡婦結合生下四個墮落天使，他們畸形，受虐待。六翼天使負責把它們召回天堂，以免惡魔先行一步將它們據為己有。這個神話這次讓Scully經歷到了。 第18集 非常臥底 The Pine Bluff Variant Mulder參與了一次調查恐怖分子使用生體毒素的臥底行動，后來被識破身份險些被處死。后來他才知道，整個從恐怖分子到調查臥底的行動，都可能是CIA協助政府為測試生體毒素計劃的。 第19集 雙瘋 Folie A Deux 一個公司職員劫持了整個公司的人，他相信他的老板是個怪物，正在把公司的人一個個變成僵尸。Mulder自愿成為人質，也看到了那個怪物。但沒有人相信，還因為他反應過激把他關進了醫院。Scully后來也看見了，幫助Mulder逃過了怪物的襲擊。 第20集 神童 The End 一個象棋神童遭人意圖暗殺。FBI調查此案，Mulder的前搭檔/女友Fowley也參與了調查。CSM沒有死，被辛迪加找了回來幫助奪回神童。這個會讀心術的孩子竟然是個“完整”的人類標本，他體內所有普通人類未用的基因開關都打開了。CSM最后成功了，還燒毀了X檔案辦公室。