丹童子有馬（寺島拓篤配音）是一名高中二年級的學生，看似沉默寡言嚴肅內向的他，其實有著一段不堪回首的過去。為了避免再傷害周圍的人，有馬選擇了形單影只的孤獨生活。某日，一位名叫藍羽琉璃（中島愛配音）的少女帶著執事鏡誠（入野自由配音）出現在了有馬的面前，提出了希望利用有馬身上“惡石”的力量。惡石的力量雖然強大但難以控制，有馬曾因此而犯下令他追悔莫及的錯誤。而藍羽琉璃則擁有“善石”的力量，能夠牽制和壓抑有馬的暴走，在藍羽琉璃的不斷懇求下，有馬終于決定走出過去的陰影敞開心扉。兩人與持有其他圣石的同伴們共同組建戰斗團隊，通過善惡兩種力量的平衡調和，在對抗由惡石失控能量幻化而成的魔物過程中逐步成長，最終成功封印引發災厄的核心源頭，并修復了因力量失衡而瀕臨崩潰的圣石系統。