第1集 Within 尋獲 Agent Doggett被派來協助調查Mulder的失蹤，Scully潑了他一杯水。 第2集 Without 離散 Scully認為找到Gibson就能找到Mulder，他們在沙漠里找到了Gibson。 第3集 Patience 忍耐 Scully和AgentDoggett去調查一個蝙蝠人的案子。 第4集 Roadrunners 寄生邪神 一個宗教團體把Scully困在了一個小鎮上，還把一個惡心的生物放在了她身體里，完全不顧她已經懷孕了，Agent Doggett及時趕到，幫她取了出來。 第5集 Invocation 幽靈兄弟 一個1990年消失的孩子又出現了，還是他消失時那樣大，七歲，他回來抓綁架他的壞蛋。 第6集 Redrum 時光倒流 一個黑人一覺醒來發覺自己在監獄中，以后每天早上醒來都是前一天，他被指控謀殺了自己的妻子。 第7集 Via Negativa 心魔 一個宗教團體的頭可以進入別人的夢中用斧子將做夢的人殺死。 第8集 Surekill 完美謀殺案 一個人擁有X-Ray眼。 第9集 Salvage 異變 Scully和Agent Doggett調查一個可能由于暴露于不知名金屬合金的人的殺人事件。 第10集 Badlaa 寄身人 一個印度無腿人能鉆進人的身體里。 第11集 The Gift 生命的意義 Agent Doggett調查Mulder失蹤前不久的事情，Doggett死而復生。 第12集 Medusa 地鐵驚魂 在地鐵站里發現了綠綠的水母。 第13集 Per Manum 疑問 許多婦女生出了alien baby被她們的醫生用做實驗，Scully的醫生也參與了，Scully想知道自己的孩子是否正常。通過Scully的回憶，確定Mulder曾經為Sully捐精，當時沒有成功，不過后來Sully奇跡般的懷孕了。 第14集 This Is Not Happening 奇跡 Mulder被發現死了。 第15集 Deadalive 生與死 Mulder葬禮后3個月后被挖出來，又活了。 第16集 Three Words 對抗未來 一個人聲稱美國要被alien接管了，他有一張“fight the future”的CD。 第17集 Empedocles 邪火傳承 可能殺死Doggett兒子的靈魂無休止的付在別人的身上，不停的殺人。 第18集 Vienen 外星異種 Mulder和Doggett到一個海上的鉆井平臺上調查被黑油感染的工人。 第19集 Alone 變異爬蟲 一個MS的崇拜者暫時代替休產假的Scully和Agent Doggett一起調查一個可以變成爬行動物的人的案子。 Scully把Mulder送給她的阿波羅11號登月的鑰匙扣送給了Agent Doggett。 第20集 Essence 奔逃 一個SculLy的媽媽請來的保姆換了Scully的藥，大家都來保護Sully不受super soldier的追殺。 第21集 Existence 啟明 排除萬難，SculLy終于有了她的孩子，William。MS擁吻。