位于南洋腹地的一個無名小島隱藏著科技發達的實驗室，科學家在此通過提取遠古遺跡中的夢幻基因并實施基因改造工程，人工培育出最強寶可夢超夢。超夢誕生后因身份認知困惑而暴走，被神秘男子以操控世界的承諾蠱惑聯手對抗各地訓練家。盡管接連擊敗眾多對手，超夢始終無法解答"我是誰"的核心疑問，內心矛盾激化至頂點后再度脫離控制，帶著對人類的憎恨重返誕生地。當科學家舊部率眾追至小島時，超夢與入侵者展開激烈對戰。最終夢幻現身引導同類相遇，在雙重鏡像映照下超夢領悟到生命本質并非源于被創造的形態，而是存在于自我意識的確立過程。伴隨著實驗室崩塌與追擊者的撤離，超夢在晨曦中凝視新生的夢幻基因體，最終選擇孤獨地踏上尋求存在意義的永恒之旅。