風都塔建立30年來維持的和平在夏日被徹底打破，一群本應死亡的Dopont突然現身街頭展開破壞。左翔太郎與飛利浦合體變身的假面騎士W，聯合警官照井龍變身為的阿克塞爾，在國際特務調查機關員瑪麗亞協助下擊退入侵者，卻發現這些Dopont均是佩戴蓋亞記憶體的普通市民。通過瑪麗亞揭露的情報，國際重犯大道克己率領邪惡組織Never劫持了編號A至Z的26個蓋亞記憶體，企圖通過大規模制造Dopont占領風都。隨著Never組織啟動覆蓋全城的蓋亞記憶體擴散裝置，正義戰士們展開奪回所有記憶體的決戰。在破解Never成員各自掌握的記憶體能力后，假面騎士W通過激活A至Z全記憶體的"全能形態"與大道克己展開最終對決，成功摧毀其野心并封印所有失控記憶體。