哥斯拉從北極冰層中蘇醒后擊沉核潛艇并摧毀軍事基地，持續向南進發。與此同時，太平洋制藥公司為提升收視率派遣櫻井與古江前往發俄島尋找魔神，發現目標竟是金剛。兩人設法將麻醉狀態的金剛運往日本，但在運輸途中遭政府攔截時，金剛意外蘇醒并游向本土。首次對決發生在那須高原，哥斯拉以放射火焰重創金剛取得首勝。自衛隊隨即實施"火焰攻擊作戰"，利用燃燒汽油河與高壓電網成功阻止哥斯拉推進。脫離困境的金剛突破電網系統時意外吸收電流恢復活力，闖入市區劫持櫻井妹妹作為人質占據國會大廈。軍方用莓汁實施"美味果汁迷糊作戰"使其昏迷，再以氣球裝置將其轉運至富士高原。二次對決中哥斯拉再度占據上風，但雷暴天氣使金剛吸收閃電能量進入強化狀態。最終決戰在熱海城展開，金剛利用電流攻擊結合摔投戰術重創哥斯拉，雙方滾落山崖墜入海中。海上僅現金剛身影暗示其勝利，但東寶官方為平衡兩大怪獸形象，將結局標注為平手。