這是一個種族殖民失敗、種族滅絕，試圖恢復族群的故事。 異種2的時間線在異種1之后。人類登陸火星，并帶回了火星的土壤樣本，但土壤樣本里有外星異種殘存。故事由此展開。 在精神病院的Herman Cromwell博士，推測了異種的來歷：Cromwell博士曾經在斯坦福大學研究1996年在南極發現的火星隕石。隕石的化石樣本顯示，火星曾經有生物存在。但化石本身并非火星原有。化石的碳基物質，只存在于麥哲倫星云中，離火星一億光年遠。Cromwell博士推測，十億年前，火星土著被外星異種入侵，外星異種摧毀了火星所有的生命形態。Cromwell博士擔心外星人會帶來未知的危險，因而強烈反對火星探索計劃，因此被關進了精神病院。 男性航天員Patrick Ross回到地球后，無法抵抗異種的繁殖本能，和多名女性交歡后帶回多個25%血統（此處是關鍵設定）的異種后代。（異種繁殖和孕育周期極短，成年僅需數天。詳情見異種1。）由于異種生長太快，受孕人類母體無法承受，異種出生時人類母體必然死亡。（這個設定和異形很類似。）Patrick和妻子交歡后，妻子死亡。由于此時Patrick仍有人性，見多名女性和愛妻因繁殖死亡，決意自殺。但飲彈自殺并未成功。異種基因強大的修復能力使已經爆頭的Patrick完整修復并徹底喪失人性。同時，為了尋找Patrick，Laura Baker博士解除了EVE（二代女性異種）身上生物節律限制，喚醒了EVE的異種基因，從而使得EVE可以感應到自己的同類，也就是Patrick。Patrick同時也感應到了同類EVE的存在，這使得他放棄了一名準備繁育的人類女性。（此處為關鍵設定。）由于感應到了同類，被本能呼喚的EVE決定逃出實驗室。人類士兵持槍多次命中EVE，也未能阻止EVE出逃。 女性航天員Anne Sampas回家后，和丈夫嘿嘿后馬上開始繁育。異種1的倆主角異種獵人Press和Laura Baker博士趕到，但沒能阻止航天員Anne Sampas一家的死亡。 黑人航天員Dennis Gamble比較幸運，沒有發生意外，走到了故事最后，并成為了關鍵角色。 Laura Baker博士發現，異種尋找異性繁育對象時，可以發現對方的生理缺陷。Sil（一代女性異種）在尋找男性繁育對象時，就殺了一個試圖和她交配的有缺陷男性。（看過異種1的童鞋應該有印象，此處為關鍵設定。）由于Dennis Gamble是鐮狀細胞的攜帶者，異種基因并未入侵他。于是，Laura Baker博士針對異種對于有缺陷的基因抵抗力很差這一特性，用黑人航天員Dennis Gamble的血液制作了專門對付異種的噴霧。（電影前面已經提到，異種生物再生能力極強，同時化學武器接觸一次后即可抵抗。） 一番尋找，Laura Baker博士用噴霧干掉了蛹形態的Patrick后代。（蛹形態是異種幼年到成年的過渡形態，見異種1。）異種獵人Press終于用沾了黑人航天員Dennis Gamble血液的鏟草叉子干掉了Patrick。 異種和其他生命一樣，繁殖是第一本能。但繁殖有兩個優先級：

異種應該是一個面向整個宇宙大量隨機投放生命種子的種族，通過基因入侵來繁育和當地土著有類似外觀的非純血下一代。異種入侵土著時，可以保留土著的知識和基本形態。異種的繁殖似乎依賴于當地土著本身的繁殖方式，同時異種對土著的缺陷基因缺乏必要的抵抗能力。