三百年前，沿海居民因反抗殖民侵略者而成為海盜，并將掠奪的財寶藏匿于神秘海域。傳說中堆積如山的黃金在海底化作彩虹，使"彩虹海盜"之名流傳至今。自稱其后人的海貍波波（謝元真配音）將傳說改編成故事講述，意外引來覬覦寶藏的海馬家族與獨眼鯊（譚滿堂配音）。危急時刻，小潛艇阿力（范楚絨配音）與伙伴貝貝（洪海天配音）出手相助，眾人被迫組成冒險隊伍共同踏上尋寶之旅。穿越危機四伏的珊瑚迷宮與暗流漩渦，獨眼鯊及其手下窮追不舍。隨著航程深入，海底火山噴發形成的天然屏障、古老航海圖的神秘指引與團隊成員間的信任危機交織浮現。當眾人終于抵達傳說中的彩虹海域，卻發現所謂的"寶藏"竟是先輩海盜們用生命守護的海洋生態平衡密鑰——億萬顆天然珍珠孕育的發光微生物群落。獨眼鯊因貪婪陷入自我毀滅，而波波一行在拯救行動中領悟到真正的財富在于守護家園的勇氣與團結。