本文以近三個小時的《沙丘：加長版》（Dune: Extended Edition）為比較對象。雖然名為“加長版”，但《沙丘》電影版依然沒有表現《沙丘》原著小說的全部內容，畢竟原著的篇幅過于宏大。原著里的很多配角和支線劇情都沒有在電影里講述，其中最突出的就是哈西米爾·芬林伯爵（Count Hasimir Fenring）及其妻子瑪戈（Margot）的故事： 芬林伯爵是一個閹人，是貝尼·杰瑟里特（Bene Gesserit）育種計劃的失敗產物。他是一位門塔特（Mentat），是皇帝沙達姆四世（Shaddam IV）從小的玩伴、唯一信任的人。在哈科南家族離開后、阿特雷迪斯家族抵達前的過渡期，芬林伯爵擔任阿拉基斯（Arrakis）的臨時總督。阿特雷迪斯家族在阿拉基斯的住處（Residency）先前就是芬林夫婦住的。阿特雷迪斯家族離開卡拉丹（Caladan）后，芬林伯爵又成為卡拉丹的臨時總督。不過，當最后沙達姆四世要求芬林殺死保羅·阿特雷迪斯（Paul Atreides）時，芬林拒絕了。 瑪戈是一位貝尼·杰瑟里特，在阿特雷迪斯家族剛到阿拉基斯時，她留了一封秘信給杰西卡（Jessica），提醒她哈科南家族想暗害阿特雷迪斯家族。后來，為了讓貝尼·杰瑟里特的育種計劃萬無一失，她還勾引費德-勞撒·哈科南（Feyd-Rautha Harkonnen）上床，并懷上了他的女兒。 除此以外，電影呈現的劇情和原著小說的主要差異在于： 電影里的保羅·阿特雷迪斯和費德-勞撒·哈科南明顯年齡偏大。在小說開始時，保羅剛滿16歲，費德-勞撒17歲。電影拍攝時，扮演保羅的凱爾·麥克拉克倫（Kyle MacLachlan）已經24歲了，扮演費德-勞撒的斯汀（Sting）已經32歲了。 在小說里，保羅稱帝前其實和她的愛妾查妮（Chani）育有一子——大萊托·阿特雷迪斯二世（Leto Atreides II the Elder）。這個嬰兒后來被他們的敵人殺害了。電影里完全沒提這個嬰兒的存在。

片頭旁白說巴特勒圣戰（Butlerian Jihad）開始于6041年。按照小說的設定，巴特勒圣戰發生于宇航公會（Spacing Guild）成立前200年到108年。 在小說里，皇帝沙達姆四世在公開場合都是戴黑色的伯塞格（Burseg）頭盔的。但在電影里他從未戴過頭盔。

電影里的沙達姆四世有200多歲，看起來也年逾花甲。在小說里，他只有68歲，看起來只有30多歲。

電影里的貝尼·杰瑟里特圣母是光頭，但小說里明確寫到她們是有頭發的。電影里的貝尼·杰瑟里特有心靈感應能力，包括保羅的年幼妹妹阿利婭·阿特雷迪斯（Alia Atreides）。但小說里明確說明她們的超強感知力并不來自心靈感應，而是依靠藥物（比如香料）和多年的嚴格訓練。當然，她們無法隔墻感知另一個人的思維。

在電影里，沒有變異的宇航公會成員似乎要依靠翻譯器說話，但在小說里他們都能正常說話。

片頭出現的宇航公會三級領航員是個漂浮在箱子里的巨大變異人。其實在第一本《沙丘》小說里沒有出現過這種變異的領航員。變異的領航員最早出場于第二本《沙丘》小說《沙丘救世主》，即埃德里克（Edric）。而“三級（third-stage）領航員”這個頭銜一直要到第五本《沙丘》小說《沙丘異端》才出現。

在電影里，基于聲波的新武器“玄秘模塊”（Weirding Module）是格斗術“玄秘之道”（Weirding Way）的重要組成部分之一。沙達姆四世也擔心阿特雷迪斯家族研發的“玄秘模塊”會威脅到他的薩德卡（Sardaukar）軍團。其實在小說里，玄秘模塊并不存在。“玄秘之道”是徒手格斗術，由杰西卡傳授給保羅。沙達姆四世擔心的是阿特雷迪斯家族利用弗雷曼人（Fremen）對抗薩德卡軍團。

《沙丘2000》里的聲波坦克（Sonic tank）

有趣的是，玄秘模塊后來進入了游戲《沙丘》和《皇帝：沙丘之戰》（Emperor: Battle for Dune），同時成為游戲《沙丘2》、《沙丘2000》和《皇帝：沙丘之戰》里阿特雷迪斯家族“聲波坦克”（Sonic tank）的靈感來源。

在電影里，哈科南家族向韋林頓·尤伊（Wellington Yueh）醫生傳遞情報是通過在尸體里藏信筒。在小說里，情報的傳遞方式非常簡單粗暴：在遠處的山崖上向阿特雷迪斯家族的住處發送一閃一閃的光密碼。

在小說里，阿特雷迪斯家族在阿拉基斯的飛行器都是撲翼機。但在電影里，阿特雷迪斯家族的飛行器看起來就像普通的飛船。 在電影里，弗雷曼人的眼睛一會兒藍一會兒不藍。但在小說里，他們的眼睛永遠是藍的。

在電影里，帝國行星生態學家列特·凱恩斯（Liet Kynes）為了表達向阿特雷迪斯家族的尊敬，按照弗雷曼人的風俗向地上吐了一口唾沫。就在眾人想起身反對時，萊托公爵指出了這是弗雷曼人表達尊敬的方式。隨后，凱恩斯代表弗雷曼人與萊托公爵結盟。而在小說里，吐唾沫的是塔布爾穴地（Sietch Tabr）的領導人斯蒂爾加（Stilgar），做出解釋的是鄧肯·艾達霍（Duncan Idaho）。斯蒂爾加之所以向萊托表達尊敬，是因為阿特雷迪斯家族試圖救一位被哈科南家族重傷的弗雷曼人信使。但斯蒂爾加并沒有因此就與萊托結盟，畢竟他無法代表全體弗雷曼人。

在電影里，被束縛的杰西卡和假裝昏迷的保羅被同時帶到了弗拉基米爾·哈科南男爵（Baron Vladimir Harkonnen）及其門塔特皮特·德夫里（Piter de Vries）面前。在小說里，只有杰西卡被帶到了這兩人面前。杰西卡是在被抬出去的路上看到假裝昏迷的保羅的。

在電影里，在被押送出帝國住處的路上，被束縛的杰西卡和保羅目睹了鄧肯·艾達霍的戰死。而在小說里，母子倆是先被關押在哈科南家族的臨時指揮所里，然后被押送到一架撲翼機里。這架撲翼機原計劃把母子倆扔進沙漠自生自滅，結果母子倆利用貝尼·杰瑟里特的音言（Voice）消滅押送他們的哈科南家族士兵，逃入沙漠后被艾達霍和凱恩斯所救。他們把母子倆送到一個弗雷曼人的臨時庇護所。沒想到薩德卡和哈科南家族的士兵很快攻入。凱恩斯負責護送母子倆撤離，鄧肯負責拖住敵人。最后，保羅親眼目睹鄧肯被爆頭。 在電影里，萊托公爵臨終前吐毒氣時，弗拉基米爾男爵因為離得遠而逃過一劫，毒氣最終只殺死了皮特。而在小說里，弗拉基米爾男爵沒被毒死的另一個重要原因是——他穿了屏蔽場。另外毒氣不止殺死了皮特，還殺死了衛隊長等房間里的很多人。

在電影里，斯蒂爾加的人發現杰西卡和保羅后沒多久，賈米斯（Jamis）就因為和保羅決斗而亡。在小說里，他們倆的決斗發生在杰西卡和保羅回塔布爾穴地（Sietch Tabr）后。賈米斯找保羅決斗也不是因為保羅曾經打敗他，而是因為賈米斯想驗證杰西卡是否就是傳說中救世主的母親，保羅是替母決斗。 電影里沒有表現列特·凱恩斯最后是怎么死的。按照小說的記載，他最后被拋棄在沙漠里，沒有水，沒有蒸餾服（stillsuit），死于香料爆炸（Spice blow）。

在電影里，保羅在沙漠中讓查妮給他喂生命之水，隨后引來了沙蟲圍觀，沒過多久，保羅就醒了。但在小說里，保羅喝生命之水是偷偷喝的，喝完后就深度昏迷。弗雷曼人甚至以為他死了，只有他母親杰西卡相信他沒死。但不管是杰西卡還是弗雷曼人都不知道保羅為何會昏死過去。當時查妮在南方，根本不知道這件事。保羅昏死三周后，查妮被杰西卡叫回穴地，她這才知道保羅昏死的事。查妮馬上意識到保羅昏死是因為喝了生命之水。就在查妮讓杰西卡轉換一些圣水時，保羅醒了。 電影暗示弗拉基米爾男爵的侄子之一格洛蘇·拉班·哈科南（Glossu Rabban Harkonnen）是被帝國的人斬首的。但在小說里，他是在弗雷曼人攻打阿拉基斯首府阿拉肯（Arrakeen）時被弗雷曼人處決的。具體處決方式小說里沒提。

在電影里，阿利婭刺傷了弗拉基米爾男爵后，破壞了他的懸浮系統，導致他被拋出一個被炸開的洞，最后被沙蟲吞噬。在小說里，阿利婭只是簡單地用戈姆刺（Gom Jabbar）刺死了弗拉基米爾男爵。

門塔特圖弗·哈瓦特（Thufir Hawat）在電影里沒有死。而在小說的最后，沙達姆四世要求他用毒針殺死穆阿迪布。哈瓦特發現穆阿迪布原來是保羅后，選擇了自殺。

電影最后阿拉基斯下起了雨。在《沙丘》系列小說里，阿拉基斯下雨要發生在《沙丘》第三本小說《沙丘之子》里，也就是第一本《沙丘》小說的故事許多年后，是弗雷曼人持續不斷對阿拉基斯進行環境改造的結果。