《學園特搜》以接連發(fā)生學生自殺事件的私立圣光學院為舞臺，講述特工少女四方堂光與搭檔Hikaru On轉入該校后展開的秘密調查。隨著靈異現象頻發(fā)，兩人發(fā)現校內存在神秘組織通過腦波控制裝置誘導學生自殺的陰謀。在破解超自然現象與科學詭計交織的案件過程中，特搜組成員既要維持校園日常秩序，又要對抗試圖掩蓋真相的秘密結社。故事通過連環(huán)案件揭露校方與秘密企業(yè)合作進行非法腦科學實驗的主線，最終在多方勢力交鋒中摧毀地下實驗室并解救被控制的學生。核心沖突圍繞科技倫理與人性尊嚴的對抗展開，同時保留校園青春群像的成長線索。