《蠅變深淵》以虛構的西岸港為背景，聚焦新聞記者濮欣（徐冬冬飾）對跨國企業賽爾斯集團污染事件的調查。隨著深入追查，她發現父親濮教授（張德暉飾）任職的孤島實驗室正是污染源的核心。當實驗室內用于環境治理而研發的基因改造昆蟲發生變異，演變為嗜血怪物并突破隔離區后，賽爾斯集團立即切斷島嶼通訊、派遣武裝力量銷毀證據。為尋找失聯的父親，濮欣與男友江海（婁淇飾）冒險潛入戒備森嚴的死島，在變異生物肆虐、求救無門的絕境中，逐步發現實驗室通過基因編輯技術培育生物武器的非法計劃。兩人在與變異昆蟲周旋的過程中，意外觸發濮教授預設的信息備份系統，最終獲取了集團將污染事故嫁禍給競爭對手的完整證據鏈。影片以實驗室自毀程序啟動時濮欣攜帶數據倉皇逃生作結，而島上殘留的基因樣本暗示著災難可能通過海洋傳播至更廣區域。