某個夜晚，首都圈警視廳高層舉行例會時遭遇持槍男子闖入劫持人質事件。警方確認劫匪為已離職的前巡查部長八重堅哲也（小澤征悅飾），特種部隊強攻后營救成功，但八重堅在混亂中開槍自殺。杉下右京（水谷豐飾）與神戶連司（及川光博飾）發現死者遺物指向七年前某起可能引發國際糾紛的未公開恐怖襲擊案件。調查過程中，特命組不僅發現八重堅家人曾是該事件直接受害者，更揭露警方高層存在刻意銷毀證據、阻礙追查的異常行為。隨著對舊案真相的深入，二人逐漸觸及涉及跨國勢力博弈與內部權力腐敗的核心陰謀。當更多關聯人員離奇死亡時，杉下通過關鍵物證鎖定了現任警視總監與七年前事件的直接關聯。在遭遇全面封鎖調查權限、辦公場所被清查的絕境下，特命組通過非常規手段獲取突破性線索，最終在國際刑警協作下完成證據鏈閉環。影片結尾通過國會聽證會的形式，揭示了掩蓋行動背后涉及多國政府情報部門的復雜利益糾葛。