南宋年間，通古縣前任縣令為謀私利，假借"河神"之名秘密綁架兒童，致使民心動蕩。宋慈奉旨前往查案，力破祭祀謠言并承諾追查真相，此舉觸怒幕后黑手。老縣令指使親信對宋慈明迎暗拒，屢次設局加害。隨著兇案頻發與輿論壓力加劇，宋慈憑借精湛驗尸技術發現關鍵證據，逐步揭露孩童失蹤案與河道治理貪腐案的關聯。在生死攸關之際，宋慈聯合通古縣主簿突破重重阻礙，最終查明前任縣令及其幕僚組成的犯罪集團。案件真相大白后，涉案官員被依法嚴懲，受蒙蔽的百姓重獲安寧。