《深藍》第二季聚焦洛杉磯警察局隱秘臥底小組的高危行動。該團隊成員因任務需要長期隱藏真實身份，甚至許多同事都無從知曉他們的臥底職責。行動負責人CarterShaw始終在保護下屬與服從上級指令間艱難周旋，其堅持原則的態度令管理層倍感壓力。本季Carter被迫接受FBI探員AlexRice（TriciaHelfer飾）的聯合指揮，共同追查牽涉警界腐敗的重大案件。Alex的職業作風與個人介入逐漸動搖Carter原有的生活秩序，迫使他在職責與情感間重新抉擇。團隊其他成員各具特質且面臨困境：專精緝毒的TyCurtis因長期離家導致婚姻瀕臨破裂；擅長街頭滲透的DeanBendis屢次違背指揮系統擅自行動；曾擔任巡邏警員的JaimieAllen憑借完美偽裝過往的能力成為Carter精心挑選的關鍵力量。多方勢力交織下，臥底行動的危險系數持續升級。