鈴木園子的叔叔次郎吉不甘心失敗，再次向怪盜基德發起挑戰。這位固執的大亨斥資打造巨型飛船貝爾·雪利二世號，并以鑲嵌珍貴寶石"天空的貴婦人"的戒指為賭注，邀請基德在東京至大阪的6小時航程中完成不可能任務。柯南、小蘭等人受邀登船，電視臺全程跟拍。雙方較量悄然展開時，恐怖組織紅色暹羅貓也秘密潛入機艙——該組織此前襲擊國立東京微生物研究所，竊取了致命病毒。隨著航程推進，基德與柯南意外發現恐怖分子劫持飛船的真正目的，雙方在萬米高空展開智勇對決。最終柯南與基德聯手識破病毒藏匿裝置，成功阻止生物武器擴散，并揭露戒指內暗藏的空洞結構實為病毒容器的設計。影片改編自青山剛昌原作漫畫，作為系列第14部劇場版完整呈現空中懸疑與動作場面。