《女忍者椿的心事》以全女性忍者組織“茜組”為舞臺，講述女忍者們在與男忍者隔絕的環境中成長的故事。椿作為班級優等生，自幼接受“男人危險論”的教育，卻在執行任務時意外目睹神秘少年日向的真實身份。隨著與男忍者接觸次數的增加，椿開始對組織延續百年的戒律產生疑問，并意外發現日向竟是為打破隔閡而潛入的臥底忍者。在與小若、小柘等好友共同執行任務的過程中，女忍者們通過觀察日向的日常行為，在實戰中逐步解構了關于男性的刻板印象。故事以輕松詼諧的方式展現了少女忍者們面對未知事物時的好奇與困惑，在遵守組織紀律與追求真相的矛盾中展開青春群像。動畫通過椿與日向的互動，揭示了忍者世界性別觀念變遷的可能性，同時保留著對傳統設定的戲謔化處理。