時間是2045年，故事發生在日本制造的太空站"安心"。月球出生的少年登矢與兒時玩伴心葉為適應地球重力在此進行復健訓練，意外與首次前往宇宙的地球少年大洋、美衣奈及博士共同遭遇太空站與彗星碰撞事故。在與地面指揮中心失聯、網絡中斷的封閉空間中，五名少年少女時而因觀念差異產生沖突，又在減壓危機、宇宙空間外泄作業（EVA）和納米機械失控等接連險境中被迫協作。他們通過跨星球成長背景的知識互補，逐步掌握太空站核心控制系統，在修復生命維持裝置時意外發現彗星撞擊殘留的未知礦物，最終借助該物質特性重建通訊系統。全員在地面救援抵達前完成關鍵操作，這段經歷促使登矢決定留在太空發展，大洋則帶著對宇宙的新認知返回地球。