故事發生在美麗的志摩市。因交通意外失去母親的小男孩相澤透，在海島發現一枚會孵化出小烏龜的發光紅石。他為紀念母親將這只被昵稱為"透透"的小烏龜秘密飼養，性格因此逐漸開朗。青梅竹馬的鄰家女孩西尾麻衣發現透透竟是33年前拯救城市的加美拉幼體。隨著怪獸積達士的突襲，透透被迫現身救援卻被政府收容。適逢麻衣接受心臟手術期間，小透得知守護石需歸還才能喚醒加美拉的真正力量。在麻衣手術成功但急需靜養的關鍵時刻，兩個孩子決定將象征希望的守護石送至名古屋戰場。最終在麻衣父親協助下完成能量傳遞，成年加美拉徹底擊潰積達士后重返海洋，而承載著兩代人羈絆的緋色守護石則永遠留在了麻衣床頭。