在第二季中，南云始帶領(lǐng)同伴穿越大迷宮成功獲得神之魔法后，持續(xù)強(qiáng)化實(shí)力并逐步解決歸途障礙。隨著隊(duì)伍穿越多個(gè)異世界節(jié)點(diǎn)，始的煉成師能力與新魔法體系逐漸完善，團(tuán)隊(duì)成員各自突破極限。與此同時(shí)，惡魔族暗中策劃的陰謀逐漸浮出水面——王都驚現(xiàn)神秘入侵者與離奇死亡事件，各國和平面臨威脅。南云始一行人在對抗神域使徒的過程中發(fā)現(xiàn)真相：所謂"神明"實(shí)為惡魔族利用古代文明遺產(chǎn)制造的戰(zhàn)爭工具。面對企圖抹殺所有異端者的機(jī)械神國軍團(tuán)，南云始與月、希雅等人必須跨越世界樹核心地帶，在阻止惡魔族引發(fā)跨維度戰(zhàn)爭的同時(shí)，尋找真正通往現(xiàn)代日本的歸路。