在第二季中，南云始帶領同伴穿越大迷宮成功獲得神之魔法后，持續強化實力并逐步解決歸途障礙。隨著隊伍穿越多個異世界節點，始的煉成師能力與新魔法體系逐漸完善，團隊成員各自突破極限。與此同時，惡魔族暗中策劃的陰謀逐漸浮出水面——王都驚現神秘入侵者與離奇死亡事件，各國和平面臨威脅。南云始一行人在對抗神域使徒的過程中發現真相：所謂"神明"實為惡魔族利用古代文明遺產制造的戰爭工具。面對企圖抹殺所有異端者的機械神國軍團，南云始與月、希雅等人必須跨越世界樹核心地帶，在阻止惡魔族引發跨維度戰爭的同時，尋找真正通往現代日本的歸路。