故事設(shè)定在一個(gè)身懷魔力的人類(lèi)瀕臨滅絕的世界，武力的最高境界從使用利劍轉(zhuǎn)為魔法，最終演變?yōu)闃屝禃r(shí)代。對(duì)魔導(dǎo)學(xué)園作為培養(yǎng)取締殘存魔力威脅的"異端審問(wèn)官"機(jī)構(gòu)，其學(xué)生草薙哮卻是個(gè)堅(jiān)持使用冷兵器刀劍的異類(lèi)。身為第35試驗(yàn)小隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)，他帶領(lǐng)著由劣等生組成的"雜魚(yú)小隊(duì)"執(zhí)行任務(wù)。擁有"魔女獵人"資格的精英槍械高手鳳櫻花意外加入后，團(tuán)隊(duì)開(kāi)始接觸被高層隱瞞的魔導(dǎo)遺產(chǎn)真相。隨著調(diào)查深入，他們發(fā)現(xiàn)帝國(guó)勢(shì)力正暗中利用古代魔法兵器威脅現(xiàn)存秩序，而鳳櫻花的真實(shí)身份竟與主角背負(fù)著跨越時(shí)空的羈絆。在對(duì)抗帝國(guó)鎮(zhèn)壓部隊(duì)的過(guò)程中，團(tuán)隊(duì)成員通過(guò)發(fā)掘古代魔導(dǎo)遺產(chǎn)的力量逐漸成長(zhǎng)，最終以傳統(tǒng)劍術(shù)、現(xiàn)代槍械與特殊能力的結(jié)合戰(zhàn)術(shù)，在解放戰(zhàn)線(xiàn)協(xié)助下摧毀了帝國(guó)的核心兵器，為魔力文明存續(xù)開(kāi)辟出新的可能性。