1962年10月14日，美國U-2偵察機在古巴上空拍攝到蘇聯修建導彈基地的影像，情報顯示該基地部署的中短程導彈及核彈頭轟炸機可覆蓋全美主要城市，引發全球核戰危機。總統約翰·肯尼迪（布魯斯·格林伍德飾）緊急成立國家安全委員會特別行動組，與國防部長、軍方將領及外交官展開密集磋商。其弟司法部長羅伯特·肯尼迪（斯蒂文·卡普飾）全程參與決策，白宮特別助理肯尼斯·奧唐納（凱文·科斯特納飾）作為關鍵見證者，記錄了十三天內政府高層在封鎖、空襲與談判間的激烈博弈。面對蘇聯拒不承認的強硬態度，肯尼迪最終選擇以海軍封鎖古巴作為施壓手段，并通過秘密外交渠道與赫魯曉夫達成協議：蘇聯撤回導彈，美國則承諾不入侵古巴并秘密拆除土耳其境內的朱庇特導彈。這場持續十三天的對峙最終以雙方妥協告終，人類歷史上最接近核毀滅的危機得以化解。