該劇由《迷失》制片人J.J.Abrams和BryanBurk打造，第二季延續第一季劇情展開。Finch（邁克爾·愛默生飾）遭神秘黑客Root綁架后，前特工JohnReese（吉姆·卡維澤飾）被迫聯手紐約警局偵探Carter（塔拉吉·P·漢森飾）與Fusco（凱文·查普曼飾），通過追蹤Root的犯罪軌跡成功營救Finch，但對方憑借高超黑客技術逃脫。劫后余生的團隊發現城市危機遠未結束：Root執著于破解Finch研發的社會預測系統并公之于眾，而腐敗勢力HR的真正首領Samantha Groves（即雪荷）仍在暗處操控政商命脈。與此同時，John因身份暴露成為聯邦調查局與中央情報局的雙重追捕目標——這個曾被認定死亡的情報人員突然重現紐約，本身即構成國家安全威脅。在機器持續提供潛在犯罪目標的日常中，Finch團隊既要防范Root的技術滲透與HR的暴力清洗，又需應對政府機構的圍剿，多方勢力角力令紐約暗網始終處于一觸即發的臨界狀態。