《天賦異稟第二季》延續第一季劇情，變種人反抗組織與政府機構"收容所"的對抗全面升級。里德一家在幫助變種人社區的過程中，發現政府秘密研發針對變種人的神經抑制裝置。凱特為保護女兒艾莉婭被迫與反派勢力周旋，其丈夫里德意外覺醒電磁操控能力。前盟友馬可斯因理念分歧另立派系，與地下組織爆發激烈沖突。艾莉婭逐漸掌握時空穿梭技能卻難以自控，在營救被俘變種人時意外導致重大傷亡。反抗軍核心成員凱倫策劃奪取"收容所"控制權，卻因身份暴露遭全球通緝。最終里德一家聯合殘存變種人，在廢墟中建立新的秘密庇護所，但艾莉婭的時空能力失控已引發平行宇宙震蕩。