羽賀是秘密組織“王之探索者”的精英成員，負責調查世界的異常現象。在一次任務中，他拯救了遭龍襲擊的村莊，被村民視為英雄。少女妮可拉因仰慕羽賀而執意加入隊伍，但逐漸察覺他的真實意圖并非單純探險。隨著調查深入，羽賀發現世界存在多處違背常理的“漏洞”，這些異常與導致其家族覆滅的神秘事件存在關聯。妮可拉的真實身份實為龍族公主，其血液能引發“漏洞”異變。兩人在追蹤異常的過程中，逐步揭露了由教會主導的、以“漏洞”力量重塑世界的陰謀，并在最終決戰中直面創造神遺留的終極悖論——世界本質即是被刻意篡改的歷史殘片。