卡勒姆·林奇（邁克爾·法斯賓德飾）在死刑執行前被索菲婭（瑪麗昂·歌迪亞飾）選中參與一項旨在消除人類暴力沖動的計劃。通過虛擬現實機器Animus，卡勒姆被迫體驗其祖先——西班牙宗教裁判時期刺客阿圭拉的記憶，在追溯先祖對抗圣殿騎士團的歷程中，逐步發現家族與伊甸園蘋果之間的深層關聯。索菲婭（杰瑞米·艾恩斯飾）在父親艾倫施壓下，利用卡勒姆尋找蘋果的現代藏匿點，其手段對卡勒姆身心造成雙重傷害。當殺手同行穆薩（邁克爾·威廉姆斯飾）暗示艾倫意圖通過操控蘋果延續控制欲時，卡勒姆開始質疑計劃本質。在古今兩條敘事線交匯處，阿圭拉守護的蘋果真相逐漸揭曉——這顆能操控自由意志的圣器成為決定人類命運的關鍵。最終卡勒姆突破精神桎梏，在現代實驗室中掙脫束縛，將蘋果嵌入索菲婭設計的裝置核心，以自我犧牲姿態阻止艾倫掌控人類意志的陰謀。