故事發生在1999年世紀末的私立超自然學院，該校因頻發靈異事件而聞名。不相信超自然力量存在的新任校長神代瑪雅（日笠陽子配音）為調查父親里奇的死亡真相而來。在校園中，她邂逅了自稱來自2012年的神秘男子內田文明（水島大宙配音），其穿越時空的身份與預言令瑪雅震驚。隨著意外事件接連發生，瑪雅逐漸接受內田所言的真實性，并發現他回到過去的真正目的：里奇的研究實為引發未來世界毀滅的關鍵，而超自然學院正是時空扭曲的交匯點。兩人最終聯手阻止災難性實驗的啟動，瑪雅也在真相揭露過程中直面父親理想與現實的矛盾，在改變歷史的同時重塑了對超自然現象的認知。