里見孝太郎是一位居住在房租低廉的可樂娜莊公寓106號房間的普通高中生，他的平靜生活因幽靈少女東本愿早苗的出現被打破。自稱寄宿于此的早苗試圖驅逐孝太郎失敗后，轉而與他形成特殊共存關系。隨后出現的侵略者包括古文明末裔倉野奇莉華、魔法少女虹野由莉佳和外星皇女提亞蜜思林，她們各自基于不同目的爭奪房間所有權——奇莉華肩負家族守護都市的使命，由莉佳為尋找魔王封印之地而來，提亞蜜思林則因時空扭曲意外降臨。隨著矛盾升級，眾人發現這些超自然現象實為神秘組織的實驗所致。在共同對抗幕后黑手的過程中，孝太郎與少女們逐漸建立羈絆，并通過合作化解了房間即將被拆遷的危機，最終各自完成使命的同時也確認了對這個特殊空間的情感聯結。