突然出現在人類面前的神秘飛翔體“災”憑借壓倒性戰力凌駕于所有航空戰力之上，人類為此開發出對現有機體進行特別調整的“子體”兵器，并搭載名為“阿尼瑪”的少女型操縱機構。因目睹母親作為飛行員死于災之手而心懷陰影的少年鳴谷慧，在升入航空特殊防衛科所屬的阿比多斯學園后，意外邂逅了搭載瑞典制戰斗機“格里芬”的阿尼瑪少女。這位自稱擁有最強戰力卻因失控風險而缺乏實戰經驗的格里芬，與懷抱飛行執念且具備特殊感知能力的鳴谷慧逐漸建立羈絆，在持續對抗災的過程中，兩人通過共同訓練與實戰突破技術限制，最終在關鍵戰役中以格里芬機體的極限超負荷為代價成功擊墜災的核心目標，同時揭示了部分阿尼瑪系統與人類意識深層連接的真相。