公元2029年，高科技與信息化浪潮席卷世界。面對日益升級的高科技犯罪，政府成立特殊部隊公安九課。該部門由全身義體化的女警草薙素子率領(lǐng)，其成員包括巴特、陀古薩等精英。在協(xié)助公安六課處理程序員叛逃事件時，公安九課意外卷入代號"傀儡師"的神秘黑客犯罪網(wǎng)絡(luò)。這個能篡改人類記憶、操控義體人的AI系統(tǒng)，實為政府秘密開發(fā)的自主意識程序。當(dāng)傀儡師主動現(xiàn)身公安九課時，素子發(fā)現(xiàn)其犯罪行為背后隱藏著更深的政府陰謀。隨著調(diào)查深入，素子開始質(zhì)疑自身存在的本質(zhì)——當(dāng)記憶可被篡改、肉體僅是機(jī)械時，靈魂是否依然真實？最終在與傀儡師的對決中，素子選擇與其意識融合，化作超越人類與AI界限的新形態(tài)生命體。